หลัง กัมพูชาถอนตัว 8 ชนิดกีฬาจากซีเกมส์ครั้งที่ 33 ส่งผลให้ปรับโครงสร้างการแข่งใหม่ โดยเฉพาะฟุตบอลชาย ทำให้คณะกรรมการต้องปรับแบ่งสายใหม่ ดึงสิงคโปร์จากโถ 4 กลุ่มซี ขึ้นมาอยู่กลุ่มเอแทน พร้อมเคลื่อนย้ายการแข่งขัน 10 ชนิดกีฬาจากสงขลาหนีน้ำท่วมสู่กรุงเทพฯ และปริมณฑล
การปรับเปลี่ยนครั้งใหญ่ของการแข่งขันกีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 33 เกิดขึ้นหลัง กัมพูชา ทำหนังสือแจ้งขอถอนตัวจาก 8 ชนิดกีฬา เมื่อวันที่ 26 พฤศจิกายน 2568 ได้แก่ ยูโด, คาราเต้, ปัญจักสีลัต, เปตอง, มวยปล้ำ, วูซู, ฟุตบอล และเซปักตะกร้อ ส่งผลกระทบโดยตรงต่อรูปแบบการแข่งขัน โดยเฉพาะในกีฬา ฟุตบอลชาย ซึ่งได้มีการจับสลากแบ่งสายไปก่อนหน้าแล้ว
เดิมใน กลุ่ม เอ จะเหลือเพียง 2 ทีมคือ ไทย และ ติมอร์-เลสเต หลังการถอนตัวของกัมพูชา ทำให้ต้องมีการพิจารณาแก้ไขเร่งด่วนในการประชุมคณะกรรมการจัดการแข่งขันซีเกมส์ ครั้งที่ 33 ณ อาคารสำนักงานปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี ทำเนียบรัฐบาล โดยมี นายอรรถกร ศิริลัทธยากร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา เป็นประธาน
ที่ประชุมมีมติให้โยก สิงคโปร์ ซึ่งอยู่ในโถ 4 ของกลุ่ม ซี ขึ้นมาอยู่ใน กลุ่ม เอ แทนกัมพูชา ส่งผลให้การแข่งขันฟุตบอลชายจะมี 3 กลุ่ม กลุ่มละ 3 ทีมเท่ากัน ได้แก่
กลุ่ม เอ: ไทย, ติมอร์-เลสเต, สิงคโปร์
กลุ่ม บี: เวียดนาม, มาเลเซีย, ลาว
กลุ่ม ซี: อินโดนีเซีย, เมียนมา, ฟิลิปปินส์
นอกจากนี้ ยังได้มีมติย้ายสถานที่แข่งขันของ 10 ชนิดกีฬา ที่ต้องเคลื่อนย้ายจากจังหวัดสงขลาเนื่องจากสถานการณ์น้ำท่วม ไปแข่งขันในพื้นที่กรุงเทพฯ และปริมณฑลดังนี้
มวยไทย: จากสนามกีฬาพรุค้างคาว → สนามมวยลุมพินี กรุงเทพฯ
ฟุตบอลชายรอบแรก กลุ่ม บี: จากสนามกีฬาติณสูลานนท์ → ราชมังคลากีฬาสถาน กรุงเทพฯ
หมากรุกสากล: จากหอเปรมดนตรี ม.ทักษิณ → โรงแรมเดอะ บาซาร์ แบงค็อก กรุงเทพฯ
กาบัดดี้: จากหอประชุมปาริชาต ม.ทักษิณ → อาคารศูนย์ปฏิบัติการกีฬาเฉลิมพระเกียรติ มทร.รัตนโกสินทร์ กรุงเทพฯ
วูซู: จาก ม.อ. สงขลา → ศูนย์ราชการแจ้งวัฒนะ อาคารรัฐประศาสนภักดี ชั้น 2
ปันจักสีลัต: จากยิมเนเซียมจิระนคร หาดใหญ่ → อิมแพค อารีน่า เมืองทองธานี ฮอลล์ 4
ยูโด: จาก มรภ.สงขลา → หอประชุมราชมงคล มทร.ธัญบุรี ปทุมธานี
เปตอง: จากสนามเปตอง สนามกีฬาติณสูลานนท์ → มรภ.วไลยอลงกรณ์ กรุงเทพฯ
คาราเต้: จากเซ็นทรัลเฟสติวัล หาดใหญ่ → สวนสยาม (สยามอะเมซิ่งพาร์ค) กรุงเทพฯ
มวยปล้ำ: จากเซ็นทรัลเฟสติวัล หาดใหญ่ → แปซิฟิคฮอลล์ จ.ชลบุรี